Đảo Sumatra
Đảo Sumatra là điểm đến của những người yêu thích thiên nhiên. Vườn Quốc gia Kerinci Seblat là nơi duy nhất trên thế giới du khách có thể thấy nhiều loài động vật quý hiếm, sắp tuyệt chủng như hổ Sumatra, hổ Bali, hổ Javan, tê giác hai sừng, Rafflesia arnoldii – loài hoa lớn nhất thế giới, có mùi như xác chết.
Kalimantan, Borneo
Kalimantan, vùng lãnh thổ Indonesia trên đảo Borneo, có vườn quốc gia Tanjung Puting. Đây là nơi duy nhất du khách có thể nhìn thấy loài đười ươi Borneo sắp tuyệt chủng. Vườn quốc gia này có những chiếc thuyền klotok truyền thống đưa du khách đi khám phá khu rừng và chiêm ngưỡng nhiều loài động vật khác như vượn, báo gấm, cá sấu Ấn Độ…
Quần đảo Togian
Nằm trên vịnh Tomini, tỉnh Trung Sulawesi, 56 hòn đảo trong quần đảo Torgian nổi tiếng với những khu rừng và bãi biển đẹp. Tuy nhiên, hành trình đến với quần đảo khá vất vả, du khách sẽ mất 3 ngày di chuyển bằng xe buýt và phà từ thị xã Tana Toraja, nhưng thành quả của chuyến đi sẽ hoàn toàn xứng đáng. Tới đây, mọi người thường thích đi lặn biển, hoặc tới hồ Sứa để bơi lội với hàng ngàn con sứa mà không lo bị đốt, tham quan đảo núi lửa Una-Una.
Quần đảo Raja Ampat
Nằm ngoài khơi bờ biển Papua, quần đảo Raja Ampat được nhiều người bình chọn là một trong những địa điểm lặn biển lý tưởng nhất thế giới. Với những rạn san hô nguyên sinh là nơi cư trú của hàng ngàn loài cá, du khách sẽ dễ dàng bắt gặp sên biển, cá đuối Manta, và cá mập Epaulette, cùng nhiều loài khác. Có rất nhiều khu nghỉ dưỡng và tàu lặn cho du khách lựa chọn nơi nghỉ ngơi.
Đảo Java
Khu đền Borobudur hơn 1.200 tuổi mới được phát hiện vào thế kỷ 19, là di tích Phật giáo lớn nhất thế giới, cùng với quần thể đền Hindu giáo Prambanan, đều nằm ở miền trung Java. Đây cũng là một trong những địa điểm đáng ghé thăm dành cho du khách khi đến du lịch Indonesia.